EMDR-behandling sker vanligen genom att klienten med ögonen följer särskilda fingerrörelser som utförs av psykoterapeuten och samtidigt har ett fokus i någon aspekt av besvärsupplevelsen. Proceduren kan även utföras på andra sätt som genom att följa ett ljud (auditivt) eller genom att fokusera på handberöring (kinestetiskt). Att använda ögonrörelser fungerar väl för de flesta personer, men en del människor trivs bättre med andra procedurer.
Som i nästan alla psykoterapier ingår också samtalande och det är inte säkert att man arbetar med proceduren ovan under varje besök.